Tras el descenso administrativo, el Burgos CF jugó la temporada 2002/03 en el grupo III sustituyendo al Levante UD y teniendo unos desplazamientos largos y costosos. El equipo beneficiado por esta decisión fue el Levante UD que, tras haber finalizado 19.º en puestos de descenso, equipaciones de futbol baratas mantuvo la categoría. Durante la temporada 2001/02, el Burgos CF mantuvo la categoría en Segunda División bajo la batuta de Enrique Martín, pero la obligatoriedad de convertirse en Sociedad Anónima Deportiva y la resistencia del presidente Quintano a realizar la conversión, llevó al equipo a descender nuevamente a la Segunda División B, sumiendo a la ciudad en una nueva decepción.