En 1950 encabeza junto con otros equipos de La Paz la profesionalización del fútbol boliviano cuando La Paz Football Association organiza los primeros campeonatos de esta categoría, obteniendo The Strongest su primer título profesional en 1952. Un año después una terrible tragedia acaba con la vida de varios de sus integrantes en un accidente automovilístico en Cochabamba y el resto de la década tiene que dedicarse a reconstruir su primer equipo, sin dejar de protagonizar los torneos pues en 1954 es SubCampeón de la LPFA y campeón del torneo internacional de la FBF, y en 1958 Campeón de la Copa República, el primer Torneo de Clubes Campeones organizado por la Federación Boliviana de Fútbol (hasta el momento estos torneos los había organizado la AFLP y la AFO).