En el Torneo Invierno 2000, los Guerreros consiguieron el pase a la liguilla en sexto lugar general con Jared Borgetti como goleador del campeonato con 18 goles. En el Torneo Verano 2001, se clasificó en segundo lugar general donde en cuartos de final se impuso a Tecos por 7-2, en semifinal empató en el global por 6-6 con Puebla, pero por su mejor posición en la tabla lo clasificó a la final ante Pachuca, el juego de ida fue para los hidalguenses por 2-1, pero en la vuelta Santos ganó 3-1 con goles de Jared Borgetti y Mariano Trujillo, mientras que el gol del campeonato lo convirtió el brasileño Róbson Luíz, quien de media vuelta batió a Miguel Calero, logrando así su segundo campeonato de liga.